La disposizione fonica è l'elenco dei registri dell'organo – cioè dei colori prodotti da ciascuna fila di canne. La disposizione fonica e molte altre caratteristiche cambiano a seconda del momento storico e del Paese di costruzione di ogni organo. Combinando i registri, l'organista ottiene diversi colori di suono e realizza sonorità contrastanti, sulle tastiere e sulla pedaliera. Questa varietà di combinazioni è una delle caratteristiche specifiche dell'organo.
L'organo dell'Oratorio di San Rocco di Gignese presenta una tastiera e una pedaliera inclinata «a leggio» con la cosiddetta ottava corta: significa che la prima ottava della tastiera e della pedaliera, per ragioni di economia e di spazio, è priva delle note corrispondenti ai primi quattro tasti neri.
Registri della tastiera
Principale 8'
Ottava 4'
Decimaquinta 2'
Decimanona 1'1/3
Vigesimaseconda 1'
Voce Umana
Registri della pedaliera
La pedaliera è costantemente unita alla tastiera: significa che non ha registri propri, ma utilizza gli stessi della tastiera.
Il vento – l'aria che fa suonare le canne – è prodotto oggi da un motore elettrico. A fianco dell'organo, però, sono ancora presenti le vecchie leve per azionare manualmente i mantici, perfettamente funzionanti.